Contexte

L’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) est une unité de recherche sous les tutelles de l'INRAe, de l’Institut Agro et de l'Université d'Angers qui mène des travaux autour de la biologie des produits horticoles (pommier, poirier, rosier, carotte, etc.) et la production de semences. Elle regroupe environ 230 personnes de profils divers : généticiens, sélectionneurs, phytopathologistes, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, physiciens, statisticiens et bioinformaticiens.

Au sein de l’unité, l’équipe ImHorPhen développe des méthodes et outils de phénotypage à haut-débit et bas coût basés sur des approches d’imagerie.

Parmi les projets de l’équipe, l’un d’entre eux implique la mise en place de protocoles d’acquisition et de traitement de gros volumes d’images de plantules de légumineuses à petites graines (luzerne, trèfle) et à grosses graines (pois) dans l’objectif de segmenter les différents organes (cotylédons, hypocotyle/épicotyle, radicule) et d’en mesurer la longueur.

Une première version des protocoles d’acquisition d’images a été définie. Un script python combinant des approches d’analyse d’image « classique » et de deep learning est en cours développement pour réaliser la segmentation d’images dans chacun des deux cas (petites ou grosses graines). Celui-ci reste encore imparfait :

  1. Des erreurs dans l’identification des plantules et des organes ainsi que leurs mesures persistent

  2. Le script actuel ne permet pas de naviguer facilement dans l’espace des résultats

  3. Le script actuel ne permet ni d’aider à identifier les potentielles erreurs ni de les corriger manuellement de manière interactive

  4. Le script actuel n’est pas facilement utilisable par des biologistes

Objectifs

Dans ce contexte, les objectifs du stage incluront, selon le profil du stagiaire :

  1. Contribution à l’amélioration des protocoles d’acquisition d’images, afin de réduire les opérations manuelles et rendre les images plus facilement exploitables,

  2. Contribution à l’amélioration des résultats du script, en particulier au volet « deep learning » en travaillant sur la phase d’apprentissage

  3. Développement d’outils de détection d’erreurs

  4. Mise en place d’une interface graphique à destination des biologistes permettant tout à la fois :

    • L’exécution du processus de traitement d’images

    • La navigation dans l’espace des résultats et l’espace des erreurs potentielles selon différents axes (espèce, génotype, lot, image, plantule, organe, etc.)

    • La correction manuelle des erreurs de mesure identifiées

Contacts (responsables du stage)

Julie Bourbeillon et David Rousseau

UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) - INRAe / Institut Agro (AGROCAMPUS OUEST) / Université d'Angers

42 rue Georges Morel, F-49071 BEAUCOUZE Cedex (France)

E-mail :

julie.bourbeillon@agrocampus-ouest.fr

david.rousseau@univ-angers.fr

Tél : 02 41 22 54 15

Compétences recherchées

Plusieurs profils sont possibles : plutôt physique/optique, plutôt sciences des données ou plutôt informatique. Le candidat devra disposer de solides compétences en développement informatique (entre autres python) et / ou traitement d’images.

Un intérêt pour le développement d’outils à destination de biologistes et l’interaction étroite avec les utilisateurs est essentiel.

Lieu du stage

UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) - INRAe / Institut Agro / Université d'Angers

42 rue Georges Morel, F-49071 BEAUCOUZE Cedex (France)

Gratification

Selon réglementation en vigueur (15 % du plafond horaire de la sécurité sociale)

Dates et durée

Il s’agit d’un stage de 6 mois pouvant être réalisé entre janvier-mars et juin-août 2021.

Modalités de candidature

Candidatures par mail aux adresses :

julie.bourbeillon@agrocampus-ouest.fr

david.rousseau@univ-angers.fr

Composition du dossier :

  • CV

  • Lettre de motivation

  • Notes de M1 et éventuellement indication d’un rang de classement dans la promotion

  • Éventuellement lettre(s) de recommandation

 


Établissement
Institut de Recherche en Horticulture et Semences
49070 Beaucouzé  
Langues obligatoires
Anglais; Français
Niveau
Bac +5
Prérequis

Plusieurs profils sont possibles : plutôt physique/optique, plutôt sciences des données ou plutôt informatique. Le candidat devra disposer de solides compétences en développement informatique (entre autres python) et / ou traitement d’images.
Un intérêt pour le développement d’outils à destination de biologistes et l’interaction étroite avec les utilisateurs est essentiel.

Durée
6 mois
Indemnité
Selon réglementation en vigueur (15 % du plafond horaire de la sécurité sociale)
Informations de contact

Julie Bourbeillon : julie.bourbeillon@agrocampus-ouest.fr
David Rousseau : david.rousseau@univ-angers.fr